U Barettova jícnu dochází k přeměně buněčné výstelky jícnu (k tzv. dysplázii), která pokud pokračuje, může vést až k rozvoji rakoviny (adenokarcinomu) jícnu. Toto riziko se popisuje v 0,2-0,5% případů za rok. Z tohoto důvodu jsou u pacientů s Barettovým jícnem nezbytné endoskopické kontroly jedenkrát za 1-4 roky podle stupně postižení, a to celoživotně.