Při výkonech trvajících déle než 1 minutu dominuje aerobní způsob získávání energie (aerobní glykolýza). Je to proces, kdy je glukóza, přijatá potravou, sloučena s kyslíkem, který tělo získává z vdechovaného vzduchu, přičemž vzniká kysličník uhličitý, voda a energie, kterou je možno využít pro resyntézu ATP.
Zjednodušeně je možno proces popsat takto:
glukóza + O2 —- CO2 + H2O + ATP
Na rozdíl od ATP – CP systému, zahrnuje aerobní glykolýza řadu složitějších pochodů a zejména je nutná nepřetržitá dodávka kyslíku. Je to tedy relativně pomalejší proces.